En plein crise séparatiste à Anjouan, le président par Intérim Tadjiddine Ben Massoud et le gouvernement conduit par Abbas Djoussouf tentent de trouver un dénouement à la crise qui secoue le pays.

Les séparatistes d’Anjouan ont refusé de signer l’accord d’Antananarivo du 23 avril 1999 et des manifestations hostiles aux anjouanais ont suivi à Ngazidja durant plusieurs jours. Le 28 avril, l’armée et la Gendarmerie interviennent et prennent position aux carrefours stratégiques et devant les bâtiments administratifs.

Le 29 avril, un calme apparent règne à la capitale Moroni. Des manifestations contre les ressortissant d’Anjouan ont eu lieu à l’aéroport de Hahaya, à Mitsamiouli et dans certains villages de Ngazidja.

Le 30 avril, l’armée, dirigée par son chef d’Etat-Major, le Colonel Azali Assoumani, renverse Tadjiddine Ben Said Massound, président par intérim depuis novembre 1998. L’armée prend le pouvoir et son chef déclare qu’il veut “empêcher le pays de sombrer dans le chaos” et que Les institutions sont dissoutes”.

Le 6 mai, Azali Assoumani prête serment comme chef de l’Etat sur une charte constitutionnelle qu’il a lui-même promulguée.  Suite à la pression de la communauté internationale qui condamne le coup de force de l’armée, Azali Assoumani déclarera qu’il restera à Beït-Salam pendant un an et cédera le pouvoir aux civils en avril 2000. Il restera au pouvoir jusqu’en mars 2002 date à laquelle il sera élu premier Président de l’Union des Comores.