En juin 2007, Mohamed Bacar  s’est fait réélire Président de l’île autonome de Ndzuani. Ce scrutin a été fortement contesté par les autorités fédérales de l’Union des Comores qui qualifient sa réélection de démarche séparatiste et anticonstitutionnelle. Un conflit ouvert est engagé, durant plusieurs mois, entre les autorités fédérales et l’exécutif de l’île.

Malgré les médiations engagées par la communauté internationale pour dénouer la crise, les autorités de l’île de Ndzuani campent sur leurs positions. Le gouvernement comorien, conduit par le président Ahmed Abdallah Mohamed Sambi, privilégie l’option militaire et donne le feu vert au mois de mars 2018 pour renverser le colonel Mohamed Bacar et libérer l’île des FGA, les Forces de la Gendarmerie d’Anjouan.

L’assaut est mené par l’Armée Nationale de Développement, avec l’appui militaire et logistique de l’Union Africaine et de la France. Peu après le débarquement sur les trois principales villes de Ndzouani, Mohamed Bacar s’est enfui vers Mayotte accompagné d’une vingtaine de ses bras droits, puis, envoyé, quelques semaines plus tard, en asile au Benin sous couvert de l’État français.Cette intervention militaire, appelée « Opération Démocratie aux Comores », a permis au gouvernement comorien de reprendre le contrôle de l’ile, sans aucune effusion de sang.