Dans le cadre de la présidence tournante prévue par la constitution de 2001, les comoriens de l’île d’Anjouan ont été appelés aux urnes, en 2006, pour élire le trio qui sera présenté, au second tour, à l’ensemble des électeurs comoriens.

Le premier tour, étant une primaire organisée uniquement à Anjouan, s’est déroulé le dimanche 16 avril 2006 et a vu la participation de 13 candidats. A l’issu de ce scrutin, Ahmed Abdallah Mohamed Sambi obtient 23,70% des voix, et arrive en tête devant les candidats Mohamed Djaanfari et Ibrahim Halidi. Se présentant comme candidat indépendant, Sambi sera élu président de l’Union des Comores à 58,02% des voix, suite à un second tour ouvert à tous les électeurs des Comores, le 14 mai 2006.

Plusieurs observateurs ont salué le bon déroulement du scrutin et la présence notable de l’AMISEC, Mission africaine de sécurisation des élections, avec plusieurs centaines de soldats de l’Union Africaine déployés sur l’étendue du territoire, durant toute la période électorale. Ahmed Abdallah Sambi est le deuxième président de l’Union des Comores, depuis la mise en place du système de la présidence tournante prévue par la constitution de 2001. Il restera au pouvoir jusqu’au 26 mai 2011.