La 1er avril 1991, a été créé l’Escadron d’intervention de la Gendarmerie, avec près de 200 hommes répartis en six pelotons dont un à Ndzuani, un autre à Mwali et le principal à Mdé à Ngazidja. Cette unité a pour mission d’intervenir rapidement dans les opérations de maintien de l’ordre et d’apports de secours. Suite à l’avènement de Said Mohamed Djohar au pouvoir en mars 1990, les forces armées sont en phase de restructuration. La volonté est de tourner la page de la GP (la garde présidentielle) et la FAC (Force Armée Comorienne) qui ont marquées les années Ahmed Abdallah Abdérémane et le commandement des mercenaires. 

Le programme d’appuis structurel (PAS) conduit la FAC au FCS (force comorienne de sécurité) et le projet de fusion entre la GP et cette dernière verra naitre l’Escadron d’intervention de la Gendarmerie. La nécessité était de créer une gendarmerie mobile pour absorber cette force militaire qui se joint à la Gendarmerie. Elle bénéficie dès lors d’une assistance de la coopération française, l’escadron sera donc formée et recevra l’équipement nécessaire pour le rétablissement de l’orde. 

Pour faire une parallèle, l’Escadron est une unité dédiée au maintien et au rétablissement de l’ordre, là où le PIGN serait un peloton d’intervention spécialisée dans la neutralisation d’individus dangereux, les prises d’otage ou encore l’escorte de convois. L’escadron était la seule unité de maintient de l’ordre au niveau fédérale sous Djohar, et est soutenue par la FCD et d’autres compagnies.  

Pour citer quelques cas, l’escadron était toujours en tête lors d’opérations délicates, on se rappelle du dénouement de la prise de Mbeni en Octobre 1992, lorsqu’une rébellion éclate au Camp militaire d’Itsoundzou, et attaque Kandaani, pour ensuite se replier à Itsoundzou avant de procédér à une prise d’otages de 5 gendarmes au niveau de GTE à Koimbani Oichili, pour finir par s’établir à Mbeni. Une intervention combinée entre la FCD (force comorienne de défense) et l’Escadron de la Gendarmerie matera la rébellion au sein du chef lieu de la région Hamahamet. À la Création de l’Escadron, Youssouf Mhoumadi alias Frank sera le premier à prendre le commandement, avant Inzoudine Mohamed. Le Colonel Normal Mzé Hamadi, lieutenant à l’époque,  dirigera l’Escadron de 1991 à 1997.