L’obtention du statut de territoire d’outre-mer en 1946 a placé Dzaoudzi comme chef-lieu et capitale politique de l’archipel des Comores. Malgré les considérations particulières de la France à l’égard de Mayotte, Dzaoudzi a continué à jouer un rôle politique important durant l’autonomie administrative et financière de l’archipel. 

Le 14 mai 1958, l’Assemblée territoriale vote une motion transférant la capitale de Dzaoudzi, à Mayotte, vers Moroni, à Ngazidja. certains notables maorais ont décrit ce transfert comme un acte d’humiliation et de domination des hommes politiques originaires de Ngazidja en général et de Said Mohamed Cheikh en particulier, alors député des Comores à l’assemblée nationale française. 

Selon l’historien et anthropologue Damir Ben Ali, «Moroni n’est pas devenue la capitale des Comores par la volonté d’un individu, ni par un pouvoir politique ». Selon lui , « c’est à Paris que l’idée fut émise et la décision prise d’implanter le siège des administrations territoriales à Moroni où déjà étaient installées les institutions politiques et économiques.»

Le transfert de la capitale à Moroni, qui a vu naître les premiers mouvements départementalistes maorais à la fin des années 50, a été visiblement l’un des facteurs qui ont accéléré l’éloignement de Mayotte des 3 autres îles.