Né vers 1805 à Tsingoni, sur l’île de Mayotte.Omar Ben Aboubacar est petit fils par son père du sultan Housseine ben Ali ben Sultan Omar, et du sultan Salim 1er par sa mère. En 1807, le sultan Salim 1er de Mayotte est renversé puis assassiné par le Sultan Soilih ben Mohamed. Quelques années plus tard, en 1817 une coalition renverse et assassine le sultan Soilih.
La mère d’Omar ben Aboubacar, Zena, accepte de laisser régner Mwana Amadi à la place de son fils trop jeune. En 1829 le sultan Amadi est assassiné, ce qui entrainera une guerre de succession au pouvoir entre le jeune Omar Aboubacar, âgé alors de 24 ans et Bwana Kombo 2, le fils du Sultan Mwana Amadi. Bwana Kombo 2 l’emporte et Omar Ben Aboubacar se réfugie à Mutsamudu à Anjouan auprès du sultan Abdallah 2.
En 1834 Cadi Omar ben Aboubacar regagne à nouveau Mayotte, suite à l’arrivée d’Andrianatsouly sur l’île qui a chassé Bwana Kombo du pouvoir. L’intervention de Ramanetaka alias Abderahlmane père de Djoumbe Fatima de Mohéli, pour chasser Andrianatsouly de Mayotte, a poussé le Cadi Omar Aboubacar à solliciter une coalition dirigée par Abdallah 2 au côté d’Andrianatsouly contre Ramanetaka. Après cette victoire, Cadi Omar et la notabilité de Mayotte signent le 19 novembre un traité d’allégeance envers le sultan Abdallah 2 d’Anjouan. En 1837 Cadi Omar Aboubakar donne accord au sultan Allaoui 2 pour le retour d’Andrianatsouly à Mayotte.
Le 24 Août 1840 Cadi Omar ben Aboubacar glisse dans le courrier d’Andrianatsouly à l’amiral de Hell, Gouverneur de Bourbon, son projet de céder Mayotte au royaume France. Cadi Omar Aboubakar rédigea le traité officiel de la cession de Mayotte à la France demandé par Pierre Passot le 24 avril 1840. En 1844, Mr Passot écrivait que « Omar Aboubakar premier Cadi de Mayotte, redoute toujours la vengeance d’Andrianatsouly ». En 1848 Cadi Omar Aboubakar se plaint à travers une lettre adressée à Louis-Philippe roi de France, du traitement infligé aux princes de Mayotte en comparaison aux avantagesdont jouissent les princes d’Anjouan sous tutelle britannique.
Omar Ben Aboubacar est décrit par les archives coloniales, comme étant un Cadi très politique. En juin 1850, Il est soupçonnéd’être en communication avec le sultan d’Itsandra à Ngazidja, Fumbavu wa Fe Fumu connu pour son hostilité aux Français et sera destitué de sa fonction de Cadi. Ce n’est qu’en 1865 qu’il sera réintégré à son poste par Mr Colomb, le nouveau Commandant de Mayotte. Dans la même année, Cadi Omar Aboubacar va achever la rédaction de sa chronique écrite arabe sur l’île Mayotte. En 1867 il est nommé grand cadi de Pamandzi.
Omar Ben Aboubacar est décédé en 1871 à Moheli, et sera inhumé à Fomboni. La mémoire collective retient d’Omar ben Aboubacar, Cadi de Mayotte, les Chroniques de l’histoire de l’île qui évoquent l’arrivée des shiraz au 16ème siècle jusqu’à la colonisation française au 19ème siècle. Celles-ci sont importantes sur le plan historique et sont aussi un acte politique sur la « remise au pouvoir colonial, elles mettent en valeur le capital historique de l’île ». L’auteur a évoqué dans un passage, avoir trompé le Sultan Andrianatsouly en lui faisant signer une cession de Mayotte au Royaume France.